История начинается с Принца, который оказался в опасности, и ищет убежище в пустынном королевстве, которое кажется ему безопасным. Королевство оказалось затронуто злым Corruption, который искажает пропорции объектов и угрожает уничтожить все, к чему прикоснётся, и заполнено многими препятствиями, и Принц ищет способ защитить себя от Corruption. В своих странствиях Принц обнаруживает существо, которое было частично затронуто Corruption, Магус. Вид этого темного, ненадежного персонажа кажется жизненно важным в защите королевства от Corruption. Сюжетная линия игры будет сильно отличаться от своего старшего консольного собрата, однако, никто не мог ожидать, что так кардинально изменится дизайн игры. Prince of Persia: The Fallen King покажет себя перед нами в качестве платформера с 3D бекграундами, а герои будут выполнены в популярном аниме стиле.